Bio informatician

Opdrachtomschrijving

• Het ontwerpen en implementeren van bioinformatica-oplossingen voor pathogeenanalyse (virussen, bacteriën, etc.).
• Het onderhouden, uitbreiden en standaardiseren van gespecialiseerde bioinformatica-pipelines (geschreven in Python & Snakemake)
• Ontwikkelen van geautomatiseerde rapportage data workflows ter behoeve van klinische respons op basis van analyseresultaten.
• Kwaliteitsborging en accreditatie van oplossingen die moeten voldoen aan standaarden en principes zoals ISO15189, FAIR data, en open- science.
• Het schrijven van uitgebreide documentatie toegankelijk voor zowel technici als non-technici ten behoeve van kennisoverdracht.
• Het afstemmen van workflow-, tooling-, of rapportage-vereisten met inhoudelijk experts en geautomatiseerde processen hierop afstemmen.

Achtergrond opdracht
In 2026 lopen een aantal projecten ter vervanging van bestaande dataverwerkingstools en in de verbetering van ons standaard surveillance data platform. in dit jaar is de bedoeling dat in korte tijd een aantal onderdelen worden gerealiseerd zodat daarna geleidelijk verder aan de implementatie kan worden gewerkt. het grotere doel is het verder standaardiseren van datastromen die binnen de publieke gezondheidszorg door het RIVM worden gebouwd, zowel voor de eigen taken als om informatie te delen met de partners in de publieke gezondheidszorg. De data engineer met name werken binnen het team dat in 2026 deze veranderingen gaat realiseren. Onderdeel is kennisoverdracht, zodat aan het eind van de opdrachttijd alle relevante kennis is overgedragen.

Competenties

• 1.    Analytisch vermogen: je herkent patronen en verbanden in complexe data vraagstukken en vertaalt deze naar logische, robuuste oplossingen.
• 2.    Plannen en organisatie: Je bepaalt een gestructureerde en efficiënte werkaanpak voor het ontwerpen, bouwen en beheren van systemen, en bewaakt de voortgang en prioriteiten.
• 3.    Samenwerkingsgericht: je stemt effectief af met andere bioinformatici, inhoudelijk experts, data engineers en andere stakeholders.
• 4.    Communicatief: Kan makkelijk communiceren met bioinformatici en niet-bioinformatici en is bereid niet-technici te ondersteunen.
• 5.    Accuratesse: werkt nauwkeurig en gericht op kwaliteit.
• 6.    Creatief: Komt actief met nieuwe ideeën en invalshoeken om de kwalitatieve output van het RIVM te verbeteren.

Eisen

• Aantoonbare en gedocumenteerde vaardigheid in Python
• Aantoonbare ervaring met bioinformatica-specifieke workflow management systemen zoals Snakemake
• Aantoonbare kennis en/of ervaring in bioinformatica met betrekking tot de analyse van Bacteriën, Virussen, Schimmels OF Parasieten.
• Afgeronde HBO+ opleiding in bioinformatica, moleculaire biologie, (medische) microbiologie of computationele biologie.
• Ervaring met Git versiebeheer en package management (Conda/Mamba/Pypi, Apptainer/Singularity) is essentieel
• Het afstemmen van workflow-, tooling-, of rapportage-vereisten met inhoudelijk experts en geautomatiseerde processen hierop afstemmen.
• Het onderhouden, uitbreiden en standaardiseren van gespecialiseerde bioinformatica-pipelines (geschreven in Python & Snakemake)
• Het ontwerpen en implementeren van bioinformatica-oplossingen voor pathogeenanalyse (virussen, bacteriën, etc.).
• Het schrijven van uitgebreide documentatie toegankelijk voor zowel technici als non-technici ten behoeve van kennisoverdracht.
• Kennis van microbiologie, moleculaire biologie en pathogeenanalyse.
• Kwaliteitsborging en accreditatie van oplossingen die moeten voldoen aan standaarden en principes zoals ISO15189, FAIR data, en open-science.
• Ontwikkelen van geautomatiseerde rapportage data workflows ter behoeve van klinische respons op basis van analyseresultaten.
• Professionele beheersing van het Engels én minimaal niveau B1 Nederlands.

Wensen

• Aantoonbare ervaring in code-documentatie ten behoeve van efficiente kennisoverdracht
• Ervaring met SQL en data modelling
• Ervaring met machine learning methodologieën en statistische analyse.

Vul je gegevens hieronder in, dan nemen we binnen 2 uur contact met je op om samen te kijken of er een match is. Heb je nog vragen? Bel ons op 030-249 66 96 of stuur een e-mail naar info@greenpepper.nl We helpen je graag verder!